根据案例可知，重庆A物流股份有限公司的设立方式为发起设立，设立程序包含要有符合法律规定的物流企业的设立人、申请名称预先核准、向登记主管机关提出设立登记申请、登记主管机关对企业提交的申请进行核准、登记，以及制定公司章程、认足首期股份、缴纳股款、组建管理机关等。