上海某医疗公司作为托运人，负有如实申报义务、提交相关文件义务、妥善包装义务和支付费用义务。本题中，上海某医疗公司违反了如实申报义务。

根据《中华人民共和国民法典》第八百二十五条规定，托运人办理货物运输，应当如实申报货物信息。在上海某医疗公司诉上海某物流公司运输合同纠纷案中，上海某医疗公司在寄快递时声明价值为2 000元，与运输货物的实际价值为50余万元存在天壤之别。所以，上海某医疗公司的行为违反了如实申报义务。