上海某医疗公司能请求上海某物流公司赔偿。

根据《中华人民共和国民法典》第八百三十八条规定，多式联运经营人负责履行或者组织履行多式联运合同，对全程运输享有承运人的权利，承担承运人的义务。

本题中，上海某物流公司作为多式联运经营人需要对全程运输负责。

虽然公路区段由B物流公司运输，但多式联运经营人上海某物流公司仍然要承担赔偿责任，所以上海某医疗公司能请求上海某物流公司赔偿。