近年来发现有些病毒（如腺病毒）的基因是不连续的，有外显子与内含子之分,转录后有剪接过程，把内含子剪除而把外显子连接起来，才有mRNA的功能。
1. DNA病毒
人和动物的DNA病毒基因组大多数为双链DNA。双链DNA病毒的复制一般可分为早期及晚期两个阶段，早期阶段病毒先利用细胞核内依赖DNA的DNA多聚酶，转录出早期mRNA,再在胞质内核糖体转译成早期蛋白质，如DNA多聚酶和脱氧胸腺嘧啶激酶等，为病毒核酸的复制提供酶和条件。晚期阶段则为病毒双链DNA通过解链后，利用早期转录、转译的酶等分别以正链DNA和负链DNA为模板，复制出子代DNA。同时病毒DNA转录的mRNA可进入胞质转译出病毒的结构蛋白，包括衣壳蛋白及其他结构蛋白。在生物合成中，因病毒基因组进入细胞核内，不仅有与细胞染色体基因重组与整合的机会，还有利于病毒在细胞内持续存在、激活病毒或细胞的癌基因。单链DNA病毒种类很少。其生物合成需先合成另一条互补链，与亲代单链DNA形成DNA双链的复制中间体后，然后解链而分别转录与转译。
2. RNA病毒
RNA病毒的生物合成是极其独特的。单链RNA病毒分为单正链RNA病毒与单负链RNA病毒。单正链RNA病毒的RNA基因组不仅可作为模板复制子代病毒RNA，还同时具有mRNA的功能，可直接转译出病毒的非结构蛋白与结构蛋白。非结构蛋白包括供病毒RNA复制所需要依赖RNA的RNA多聚酶等，结构蛋白则包括衣壳蛋白等。单负链RNA病毒的基因不具备mRNA的功能，因此单负链RNA病毒先转录出亲代基因组互补的正链后，才能在核糖体上转译出相应的蛋白质。无论单正链或单负链RNA病毒在复制子代病毒RNA前都需合成另一互补链，成为复制中间型后，再分别解链进行复制。
逆转录病毒也是单链RNA病毒，因为这类病毒体带有逆转录酶，可用病毒亲代RNA为模板合成互补的DNA链，从而构成了RNA：DNA 中间体。随后，在中间体中的RNA被水解下去，形成双股DNA。这一双链DNA分子通过整合入宿主细胞的DNA上，成为前病毒（provirus）,并可随宿主细胞的分裂而存在于子代细胞内。前病毒还可转录出病毒的mRNA与子代病毒的RNA,后者转译出子代病毒蛋白质。
