HLA是人类主要组织相容性抗原，是决定移植手术是否成功的主要因素。如果移植物表达受者所不具有的HLA抗原，受者将会对移植物产生急性排斥反应，甚至导致移植失败。临床资料显示，移植物的存活率和存活时间与供者和受者之间HLA匹配程度密切相关，即供者与受者之间错配的等位基因数越多，移植的效果越差；反之，效果越好。HLA基因是高度多态性的，据目前已公布的HLA等位基因数据计算，全人类中HLA等位基因组合的总数超过百万亿之多，是每个人独特的、终生的遗传标志。当然，如按国家、民族或人群划分，每个人群实际拥有的等位基因数远没有如此多，只占其中的一部分；连锁不平衡现象的存在一定程度上减少了特定人群中HLA等位基因组合的总数。然而，要在无关人群中找到HLA相同的供体仍是十分困难的。因此实际操作中，甚至是骨髓移植，一般不要求供者与受者HLA完全匹配，现有的免疫抑制制剂能有效地抑制急性移植排斥反应。