其一，运用科目及明细科目不同。《小企业会计准则》通过“长期债券投资”核算，在长期债券投资科目下设有面值和溢折价二级明细科目；而《企业会计准则》通过“持有至到期投资”核算，下设成本和利息调整二级明细科目。

其二，投资收益计算方法不同。《小企业会计准则》投资收益是根据面值和票面利率计算确定；而《企业会计准则》的投资收益则是根据摊余成本和实际利率计算确定。

其三，减值损失的处理不同。《小企业会计准则》规定不计提减值准备；而《企业会计准则》计提减值准备。