其一，初始计量方法不同。《小企业会计准则》设置“长期股权投资”科目，以成本进行初始计量；而《企业会计准则》采用成本法和权益法，在长期股权投资科目下设置“成本”“损益调整”“其他权益变动”二级明细科目。初始计量需要区分属于同一控制下企业合并还是非同一控制下的企业合并，账务处理也有所不同。

其二，后续计量不同。长期股权投资持有期间被投资单位宣告发放现金股利或利润，两准则成本法核算一致。但是《企业会计准则》后续计量还有权益法核算。

其三，处置不同。《小企业会计准则》不涉及此类核算；《企业会计准则》规定，处置长期股权投资时，需转出“长期股权投资减值准备”科目，并且在权益法下，通过“其他综合收益”科目核算的其他权益变动也应转入“投资收益”科目。

其四，长期股权投资损失处理不同。《小企业会计准则》下，损失金额与税法允许税前扣除的金额和条件一致，损失直接计入“营业外支出”科目，不计提长期股权投资减值准备；而《企业会计准则》下，要计提长期股权投资减值准备。