（1）预算单位申请。财政直接支付的申请由一级预算单位汇总，填写“财政直接支付汇总申请书”，报财政部门国库执行机构；
（2）财政部门国库支付执行机构开具支付令。财政部门国库支付执行机构对一级预算单位提出的支付申请审核无误后，开具“财政直接支付汇总清算额度通知单”和“财政直接支付凭证”，经财政部门国库管理机构加盖印章签发后，分别送到中国人民银行和代理银行；
（3）代理银行划拨资金。代理银行根据“财政直接支付凭证”及时将资金直接支付给收款人或用款单位；
（4）资金清算。代理银行依据财政部门国库支付机构的支付指令，将当日实际支付的资金，按一级预算单位分预算科目汇总，附实际支付清单与国库单一账户进行资金清算；
（5）出具入账通知书。代理银行根据“财政直接支付凭证”办理支出后，开具“财政直接支付入账通知书”发给一级预算单位和基层预算单位。“财政直接支付入账通知书”作为一级预算单位和基层预算单位收到或付出款项的凭证。（一级预算单位有所属二级或多级预算单位的，由一级预算单位负责向二级或多级预算单位提供收到或付出款项的凭证。）
（6）会计处理。预算单位根据收到的支付凭证做好相应会计核算。
